O Departamento de Entomologia do Museu Nacional é composto por nove laboratórios de pesquisa que contemplam diferentes ordens de insetos. 

Laboratório de Odonatologia e Entomologia Cultural

Laboratório de Diptera Neotropicais

Laboratório de Sistemática de Hemiptera

Laboratório de Dípteros Aquáticos

Laboratório de Coleoptera

Laboratório de Taxonomia e Biodiversidade de Collembola

Laboratório de Polyneoptera 

Laboratório de Pesquisas em Lepidoptera

Laboratório de Sistemática de Trichoptera